Устанавливаем apache2-utils, если утилита htpasswd отсутствует:
sudo apt-get install apache2-utils
Выполняем следующее, заменив username и password:
echo $(htpasswd -nbB username "password")
В результате получаем строку, которую можно указать в файле traefik.toml:
username:$2y$05$zBpWD5KcCDxw9durV29ZSOTbhi8Ltef7g/f0C5mLTrd0enQILkBRy
Для использования в файле docker-compose.yml нужно добавить экранирование символа $:
echo $(htpasswd -nbB username "password") | sed -e s/\\$/\\$\\$/g